《绝密手稿》讲述的是爱尔兰独立战争期间，女主人公萝珊的传奇一生。故事的开篇处，住在罗斯康芒地区精神病院的老年萝珊已经当了50多年的病人，她决定在生命的最后旅途中完成一本自传，用以记录20世纪初，她和她的父母在斯莱戈的生活。她把自己的故事藏在松动的地板下面，暂时不希望这个秘密被人发现。故事的第二条叙事线索围绕医院的现任首席精神病医师格林医生展开。医院正面临着即将被拆除的危险，他必须决定转移哪些病患，让谁重新回归社会。格林对萝珊尤为关心，并开始试探性地挖掘她的过往，于是随着故事的不断推进，萝珊和格林医生各自的往事渐渐浮出水面。原来，萝珊是20世纪初，爱尔兰宗教事件和动荡政治的受害者。